対米全面テロ

私は専門家などと自惚れてはいませんので念のため。

＞「該当国に害または法律違反」の可能性のある船舶は、たとえ「友好国の旗」を揚げていても領海を自由には航行できない、ってのは、それでいいんですね？

ちょっと違います。

航行自由の原則といい、自由に航行できるのが原則なのです。
従って、害や法律違反をなしていない限りは他国領海を航行できるのです。

沿岸国は軍艦に対して退去を要求する権利はあります。
しかし、友好国として扱っている国の軍艦に対して退去を要求するには、外交上なんらかの根拠が必要でしょう。
その軍艦が国際法に違反したり、明白にあるいは相当の蓋然性を持って「害」をなしていると言えなければ友好国に退去を要求できますか？

潜水艦が航行した後は放射能濃度が高かったとか、具体的な事象がないと無理でしょう。

次に、民間の船舶であれば、法律違反や害を及ぼしている疑いがあれば警察権を行使し臨検して、実際に法律違反等があれば船長を拘束したり拿捕することができます。

しかし、政府の籍にある公船や軍艦は違います。
軍艦は「浮かぶ領土」との言い方がある通り、「治外法権」と「不可侵権」をもっています。従って、艦内には沿岸国の法律は及びません。また、「不可侵権」により沿岸国の臨検を拒否する権利を持っています。
（なお、公船の場合、不可侵権はないので臨検はできますが、治外法権は持っていますので乗員の身柄の拘束や拿捕はできません。）

従って、退去要求を無視してされてできることは、要求・抗議、自国軍隊による示威行為を繰り返す、国連の安全保障理事会に問題を持ち込む等しか実際にはありません。

なお、潜水艦は浮上して国籍を示す旗を掲げれば通常の軍艦と同じ扱いを受けます。冷戦中に国籍不明の潜水艇に繰り返し領海侵犯されたスウェーデンは、潜水艦に若干の損害を与えて浮上させるための兵器を海軍艦艇の標準装備にしています。

＞これまでにマスコミに流された情報だけで、
「原潜の事故または故障」の可能性は100％否定できるものですか？
（まず、マスコミ情報そのものが100％信頼できるとは言い難いものだし。）
1％でもその可能性があれば、それに必要な対応をするのが「危機管理」だと思いますね。

領海で潜航中の潜水艦を追尾し継続追跡するのは、立派な危機管理ですよ。

潜水艦が高濃度の放射能を撒き散らしている状態であれば、潜水艦は浮上し、乗員は退去若しくは退去の準備をしているでしょう。
少なくとも、ご心配の高濃度での放射能事故などは起きていないというのは断言しても良いのではないでしょうか。